Судя по всему, это просто убогость Sprite Explorer'а.
Возможно, что он сам индексирует изображение, которое в него пихаешь, причем своей палитрой (не как Photoshop).
А если ему уже индексированный BMP дать, то он его вообще не прочитает:
А я открывал картинку в MSPaint с синим фоном, потом В меню: "Рисунок" убирал галочку "непрозрачный фон" (Win Xp) пересохранял в bmp. и все работало, по крайней мере делал текстуры, наверно на спрайты тоже должно проканать.