Хоть убейте, но пять раз пробовал выложенный мой REG файл и во всех пяти случаях настройки 2D вида сбивались на стандартные при запуске редактора, VHE 3.5.
2 TeGene:
Попробуй самый "тяжёлый, долгий и нудный" способ:
Зайди в Настройки (Tools), вкладка General. Посмотри стоит ли галочка в пункте: "Use independent window configurations". Если да, то убери.