Они хранятся именно в дитектории Хаммера.
В файлах CmdSeq.wc и GameCfg.wc, пути к текстурам хранятся в реестре как я писал выше.
Заметил я это когда из Висты запустил Хаммер установленный в ХР, у меня были сохранены все настройки, кроме текстур.
З.Ы. Знаю что Екзерту уже не надо, но может кому-то пригодится. Тема не такая старая, поднять можно.