Компилятор создает их автоматически при условии, что нет ни одной команды $hbox. После компиляции - декомпилируешь модель и копируешь созданные хитбоксы в QC, если надо поменять номера хитгрупп.
не обязательно декомпилировать, можно открыть модель в hlmv зайти "bones" там нажать на генерация qc, также там можно подправить существующие или добавит новые хитбоксы