Боюсь, решения данной проблемы нет... у меня такая же трабла часто бывает... в чем причина так и не разобрался....
Главное правило - как можно меньше работы с вертексами! Их неправильная постановка сразу же накрывает всю коллизию. Тем более не стоит работать с вертексами на цилиндрах и других округлых предметах.
Еще: При аттачении боксов друг к другу первым выбирать тот бокс, над которым не производились такие действия, как вращение.
В максе такой бокс выделится угалками ровно по осям, если же его вращали, то он, и все остальные элементы коллизии будут выделены под углом. Не знаю, критично ли это, но у меня такие модели постоянно криво компилятся.