-nowadtextures к hlcsg.exe
Перемнная WADROOT лишняя.
@echo off
set mapname=karta.map
hlcsg.exe -estimate -nowadtextures "%mapname%"
hlbsp.exe -estimate "%mapname%"
hlvis.exe -estimate -full "%mapname%"
hlrad.exe -estimate -chart -extra -dscale 1 -bounce 4 -smooth 100 "%mapname%"