mkvmerge из пакета MKVToolNix- консольная программа.
Для нее есть графическая оболочка - mkvmerge GUI, но она обрабатывает файлы по одному, как и VirtualDub.
Как вариант, в mkvmerge GUI открыть одну пару .mkv и .wav файлов, настроить необходимые параметры(имя конечного файла, язык и имена...